Αρμόδια όργανα για την διοίκηση, οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 31 του Ν. 4485, είναι:

1. Η Σύγκλητος του Τ.Ε.Ι Πελοποννήσου
2. Η Συνέλευση του Τμήματος Τεχνολόγων Γεωπόνων
3. Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ.
4. Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών
5. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.